좋은 균주를 농가의 성과와 수출상품으로 바꾸자 — 상세자료

제안 요약

농업미생물은 병해충을 억제하거나 작물의 양분 이용을 돕고 환경 스트레스를 완화할 수 있는 농자재다. 화학농약과 화학비료를 모든 작물에서 대체할 수는 없지만, 효과가 확인된 조건에서는 농업인이 선택할 수 있는 수단을 넓힐 수 있다.

한국은 균주·연구역량·공유생산시설을 갖췄다. 그러나 균주의 동정·안전·권리자료를 제품 후보로 묶고, 여러 지역과 작기에서 효과를 반복 검증하며, 그 자료를 국내 등록과 목적국 등록에 다시 쓰게 만드는 공통 경로는 짧다.

이 제안은 K-농업미생물 산업화·수출 플랫폼을 3년 동안 시험하자는 것이다. 국가 균주·권리 패키지, 작물별 다지역 실증망, 농자재 분류·등록 사전상담, 목적국 등록 패키지, 국내 보급과 수출의 공동 성과표에 투자한다. 3년 총 300억 원은 정부 확정예산이 아니라 기존 사업의 중복과 비용을 대조하기 위한 정책설계 가안이다.

성과는 균주 수, 논문 수, 박람회 상담건수로 평가하지 않는다. 여러 지역에서 효과가 재현됐는지, 농가의 실제 순편익이 생겼는지, 제조 로트의 품질이 일정한지, 목적국 등록을 마쳤는지, 첫 수출 다음 해에도 재주문이 발생했는지를 확인한다.

농업미생물은 가능성과 변동성을 함께 가진 농자재다

미생물은 하나의 제품군처럼 불리지만 작동 방식은 다양하다. 병원균을 억제하는 미생물, 질소를 고정하거나 인산의 이용을 돕는 미생물, 작물의 건조·염류 스트레스를 완화하는 미생물은 필요한 시험과 사용조건이 다르다.

연구결과도 가능성과 한계를 함께 보여준다. 2018년 세계 포장시험 1,726건을 분석한 연구는 미생물 접종의 평균 수량 증가를 16.2%로 보고했다. 그러나 기후대에 따른 효과는 8.5~20.0%로 달랐다. 2024년 유럽과 이스라엘의 시험을 분석한 연구에서도 평균 효과는 9.3%였지만 제품·작물·토양·기후에 따라 변동이 컸다. Schütz et al., 2018, Bizos et al., 2024

환경효과도 조건부다. 2023년 메타분석은 미생물 비료가 아산화질소 배출과 암모니아 휘산을 각각 평균 29.8%, 24.9% 줄였다고 보고했지만 토양 유기탄소와 pH가 효과를 좌우했다. 2024년 국제 연구는 유용미생물 접종이 토양 미생물 생물량을 늘리면서 토착 미생물 군집구조도 바꿀 수 있다고 분석했다. Soil and Tillage Research, 2023, Nature Ecology & Evolution, 2024

따라서 ‘미생물이므로 친환경적이다’라는 주장은 정책 기준이 될 수 없다. 어떤 작물과 토양에서, 어떤 사용법과 보관조건으로, 어느 정도의 효과와 안전성이 반복되는지를 확인해야 한다.

한국에는 균주와 시설이 있지만 전환 경로가 짧다

농촌진흥청 농업유전자원센터(KACC)는 2026년 8월 17일 조회 기준 1만 395종, 2만 9,252균주를 보존하고 산업적 이용을 위한 분양체계를 운영하고 있다. 2023년 5월 기준으로는 특허미생물 2,761균주를 보존하고, 특허등록이 끝난 1,510균주의 정보를 공개했다. KACC 미생물은행, 농촌진흥청, 2023

생산기반도 확충됐다. 2026년 4월 정읍에 문을 연 농축산용미생물산업공유인프라는 배양·혼합·포장·저장 장비와 40개 입주실을 갖췄다. 중소기업이 초기 생산설비를 모두 보유하지 않고도 시제품과 제품을 만들 수 있는 기반이다. 농림축산식품부, 2026.4.8

하지만 균주를 분양받았다고 제품이 되는 것은 아니다. 기업은 균주의 정확한 동정, 병원성·항생제내성·이차대사산물, 대량배양, 제형, 저장성, 특허와 상업이용 조건, 유전자원의 접근 및 이익공유 여부를 다시 확인해야 한다. 제품이 만들어진 뒤에는 작물·토양·기후·살포시기에 따라 달라지는 효과를 검증해야 한다.

현행 등록체계도 제품의 주장에 따라 갈린다. 병해충 방제를 표방하면 미생물농약 등록과 안전성 심사를 거쳐야 한다. 미생물비료는 종류별 최소 생균수, 병원성 미생물, 중금속과 저장기간 등의 공정규격을 충족해야 한다. 공정규격에 없는 미생물에는 동정·기능·병원성·재배시험 자료가 추가로 필요하다. 개발 초기 분류가 틀리면 연구가 끝난 뒤 등록자료를 다시 만들 수 있다.

정책지원은 이 사이의 단절을 충분히 다루지 못했다. 균주 발굴, 특허, 시설, 시제품, 현장보급, 해외전시가 서로 다른 사업의 성과가 됐고, 한 제품이 어느 단계에서 실패했는지 보여주는 공동 성과표는 없다.

해외 경쟁력은 균주의 수가 아니라 규제자료의 완성도에서 나온다

미국 환경보호청은 미생물농약을 생물농약 등록체계에서 심사한다. 유럽연합은 2022년 11월부터 미생물 활성물질과 미생물 식물보호제품에 맞춘 네 개 규정을 적용하고 있으며, 식물보호용으로 승인한 미생물은 60종이 넘는다. 유럽연합 비료제품 규정은 미생물 식물생물자극제에 사용할 수 있는 미생물 범주를 제한적으로 열거한다. 한국에서 판매되는 제품이 그대로 해외에서 인정되는 구조가 아니다. 미국 EPA, 유럽연합 집행위원회, EU Regulation 2019/1009

브라질은 2024년 생물투입재법을 제정해 생산·등록·상업용·자가사용·수입·수출을 하나의 체계로 정리했다. 2025년에는 생물투입재 162건을 등록했다. 특히 수출전용 제품과 국내 판매제품의 절차를 구분한 점은 수출정책을 설계할 때 참고할 수 있다. 다만 자가사용 생물투입재가 널리 쓰이는 브라질의 시장조건을 한국에 그대로 옮길 수는 없다. 브라질 법률 제15,070호, 브라질 농축산부, 2025년 등록실적

OECD는 미생물농약의 등록자료와 이차대사산물 위해성 평가 지침을 마련하고 있다. ISO/TC 134도 미생물 계수와 생물자극제 표시 주장에 관한 국제표준을 개발 중이다. 해외시장에서 필요한 것은 규제 완화가 아니다. 미생물의 특성에 맞춰 동정·안전·품질·효능 자료를 예측 가능하게 만들고, 그 자료를 목적국 심사에 맞게 제출하는 능력이다.

한국에서 작동하지 않는 조건도 분명하다. 미국·EU의 규정이나 OECD 지침을 충족했다고 해서 국내 농가에서 효능이 자동으로 보장되지는 않는다. 해외 등록자료와 한국의 다지역 농가 검증을 연결하되 서로 대체해서는 안 된다.

다섯 개의 공통 경로를 만들자

첫째, 공공 보유 균주를 ‘목록’이 아니라 제품 후보 자료로 제공해야 한다. 기능·유전체·안전성·배양·제형·저장성의 기초자료와 특허·상업이용·나고야의정서 관련 정보를 하나의 균주·권리 패키지로 묶는다. 기업에는 기간과 개발성과를 조건으로 실시권을 주고, 성과 없이 균주를 장기간 묶어두면 권리를 회수한다.

둘째, 작물별 다지역 실증망을 운영해야 한다. 시설·노지 원예의 병해 방제, 곡물·두류의 양분 이용, 밭·과수의 환경 스트레스 등 기능별 트랙을 정하고 여러 제품을 공통 프로토콜로 비교한다. 시험계획과 1차 평가지표는 사전에 등록한다. 수량·상품률뿐 아니라 화학농자재 투입, 제품비·노동비를 포함한 농가 순편익, 유통 뒤 생균수와 필요한 환경안전 지표를 함께 측정한다.

셋째, 농업미생물 농자재 등록 사전상담을 설치해야 한다. 기업이 균주, 용도, 표시 주장, 제조방식, 대상 작물과 수출국을 제시하면 국내 적용 경로, 필요한 시험, 공공자료의 재사용 범위, 목적국과 공동으로 설계할 자료를 문서로 회신한다. 심사기준을 낮추는 제도가 아니라, 연구가 끝난 뒤 시험을 처음부터 반복하는 일을 줄이는 제도다.

넷째, 수출지원을 제품-국가별 등록 완성 지원으로 바꿔야 한다. 미국·EU·브라질 등 우선시장마다 자료격차 분석, 국제적으로 인정 가능한 시험, 영문 기술문서, 현지 효능시험, 현지 등록권자와 유통사 검증을 묶는다. 정부가 판매위험을 모두 부담하지 않도록 단계별 민간부담을 두고, 국내 다지역 효능과 제조 품질이 확인된 제품만 후속지원을 받게 한다.

다섯째, 국내 보급과 수출을 하나의 성과표로 관리해야 한다. 지원계약을 균주 패키지 → 다지역 실증 → 국내 등록 → 농가 채택 → 목적국 등록 → 재주문으로 나눈다. 각 단계를 통과할 때만 다음 예산을 배정한다. 제품별로 효과가 확인된 작물·지역·사용조건, 효과의 평균과 변동 범위, 농가 순편익, 로트 품질, 등록국가와 2년 차 재주문을 공개한다.

새 시설보다 증거 생산에 투자해야 한다

이 제안은 2027년부터 2029년까지 3년 총 300억 원의 시범예산을 가안으로 제시한다. 균주·권리·안전 공통자료 60억 원, 다지역·다작기 실증 90억 원, 목적국 등록·현지시험 90억 원, 규제상담·데이터 30억 원, 독립평가·사후관리 30억 원이다.

이 금액은 정부가 확정한 예산이 아니다. 기존 연구개발·시설·수출지원 사업과의 중복을 대조하고, 새 건축 없이 기존 시설을 활용한다는 전제에서 정책의 무게중심을 제시한 설계안이다. 기업지원은 제품이 등록과 수출에 가까워질수록 민간부담을 높이고, 공통 시험법·안전자료·독립평가처럼 개별기업이 충분히 투자하기 어려운 부분은 정부가 담당한다.

법률을 새로 만드는 일도 첫 단계는 아니다. 「그린바이오산업 육성에 관한 법률」은 미생물을 그린바이오산업 분야에 포함하고, 제5조에 제품 개발·이용, 농업과의 연계, 기술 개발·보급과 데이터 활용을 담은 기본계획 수립 근거를 두고 있다. 농림축산식품부가 2026년 7월 발표한 제1차 기본계획의 2027년도 시행사업으로 먼저 시작할 수 있다. 국가법령정보센터, 농림축산식품부 기본계획

기본계획은 2024년 6조 원인 그린바이오산업을 2031년 10조 원으로 확대하겠다는 목표를 제시한다. 그러나 이 수치는 종자·동물용의약품·곤충·천연물·식품소재·미생물을 포괄한다. 이를 농업미생물만의 현재 시장규모나 수출목표로 사용해서는 안 된다. 농업미생물의 매출·기업·고용·등록·수출은 별도 통계로 구축해야 한다.

안전성과 민간 시장을 함께 지켜야 한다

공공지원이 늘수록 안전과 시장질서의 기준은 더 선명해야 한다. 병원성, 항생제내성, 이차대사산물, 오염과 비표적 생물 영향이 확인되면 시험과 보급을 중지해야 한다. 제조 로트의 생균수와 오염, 저장기간이 반복해서 기준에 미달하면 공공시설 이용과 후속지원도 끊어야 한다.

지방자치단체와 공공기관의 미생물 무상·저가 공급도 점검할 필요가 있다. 공공 공급은 현장실증이나 민간이 공급하기 어려운 공익 목적에 한정하고, 사용 균주·품질·비용·효과를 공개해야 한다. 품질과 책임이 확인되지 않은 무료제품이 등록 민간제품을 밀어내면 산업화 기반이 약해진다. 다만 실제로 밀어냈는지는 아직 측정된 적이 없다 — 시·군 농업기술센터의 미생물 무상 공급 규모가 집계되지 않았다는 점은 「농작업 위탁형 계절근로 사업을 스마트농업의 핵심 사업으로 키워나가자」도 같은 이유로 확인 필요 항목에 올려 두었다. 두 제안은 같은 관찰을 공유하므로 조사도 함께 해야 한다.

공공 균주와 기업의 개량성과 사이의 권리도 계약 전에 정해야 한다. 물질이전계약, 실시권, 시험데이터의 공개범위, 성과 없는 권리의 회수조건을 분명히 해야 한다. 해외 유래 균주는 나고야의정서상 접근 및 이익공유 절차를 확인하고, 특허기탁은 필요한 경우 부다페스트조약의 국제기탁체계를 이용해야 한다.

3년 동안 검증하고 성과가 없으면 확대하지 않는다

시범사업은 세 개 기능 트랙에서 시작한다. 2027년에는 후보 균주와 기업·연구기관·농가 컨소시엄을 공개모집하고 시험계획을 사전등록한다. 2028년에는 다른 지역과 작기에서 반복시험하고 국내 등록자료와 목적국 자료를 만든다. 2029년에는 목적국 등록 신청, 초기 수출과 재주문 추적, 독립 종합평가를 진행한다.

2031년 제안 목표는 공공 균주·권리 패키지 20건, 두 지역 이상과 두 작기 이상에서 효과가 재현된 제품 10건, 제품-국가 등록자료 12건, 해외 등록 5건이다. 모든 지원제품은 농가 순편익과 제조 로트 품질을 공개해야 한다. 이 수치는 현행 실적의 연장치가 아니라 시범사업을 설계하기 위한 목표다. 후보제품 수와 국가별 등록기간을 조사한 뒤 조정해야 한다.

중단기준도 사업을 시작할 때 함께 정한다. 사전등록한 주요 지표에서 효과가 반복되지 않으면 해당 작물과 표시 주장의 후속지원을 끝낸다. 안전문제나 품질기준 미달이 발생하면 즉시 중지한다. 목적국 등록비용이 예상 편익을 크게 웃돌면 해당 제품-국가 계약을 종료한다. 공공지원이 끝난 뒤 민간매출·재주문·농가 순편익이 확인되지 않으면 전국 확대를 보류한다.

정부가 지금 결정할 일

농림축산식품부는 2027년도 그린바이오산업 육성 시행계획에 농업미생물 산업화·수출 플랫폼을 별도 실행사업으로 반영해야 한다. 농촌진흥청은 균주·권리 패키지와 다지역 시험규격, 농약·비료 공동 사전상담을 맡아야 한다. 한국농업기술진흥원은 기업·연구기관·농가의 단계계약, 민간부담과 중단조건, 목적국 등록지원을 담당해야 한다.

2026년 말까지 먼저 만들어야 할 것은 건물 설계도가 아니다. 기존 사업·시설·균주·제품·예산의 중복지도, 기능별 공통 시험프로토콜, 농약·비료 분류 사전상담서, 제품-국가 등록계약서, 공개 성과표와 영업비밀 기준이다.

농업미생물을 미래산업으로 부르는 것만으로는 산업이 생기지 않는다. 한국이 가진 좋은 균주와 연구역량을 농가가 다시 구매할 제품, 해외 규제기관이 심사할 자료, 현지 고객이 재주문할 상품으로 바꾸는 경로가 있어야 한다. 이 정책은 그 경로를 만드는 세부 실행정책이다.